Fullmetal Alchemist เอ็ดเวิร์ดและอัลฟอนส์ เอลริค สองพี่น้องที่ต้องเผชิญกับการสูญเสียแม่เพราะโรคร้าย ด้วยความหวังจะชุบชีวิตแม่ ทั้งคู่ได้ทำสิ่งต้องห้ามของศาสตร์การเล่นแร่แปรธาตุ นั่นคือการแปรธาตุมนุษย์ ส่งผลให้เอ็ดเวิร์ดสูญเสียขาซ้าย และอัลฟอนส์สูญเสียร่างกายทั้งหมด เอ็ดเวิร์ดแลกแขนขวาเพื่อดึงวิญญาณของน้องชายกลับมาและใส่ในชุดเกราะ ด้วยความช่วยเหลือของวินรี่และคุณยายพินาโค ร็อคเบลล์ เอ็ดเวิร์ดได้รับการติดตั้งแขนขาเทียมและเริ่มการเดินทางเพื่อตามหาศิลานักปราชญ์ในตำนานเพื่อคืนร่างกายให้อัลฟอนส์และฟื้นฟูร่างกายของเขาเอง เขาเข้าร่วมกองทัพและกลายเป็นนักเล่นแร่แปรธาตุของรัฐ แต่เรื่องราวเพิ่งเริ่มต้น ความลับเบื้องหลังศิลานักปราชญ์และประเทศอาเมสทริสคืออะไร?