Dr. STONE ทาจูเก็บความรู้สึกมานานถึง 5 ปี และตัดสินใจสารภาพรักกับยูซุริฮะ แต่ในช่วงเวลานั้น แสงสีฟ้าปกคลุมโลกและเปลี่ยนมนุษยชาติให้กลายเป็นหิน หลายพันปีต่อมา ทาจูตื่นขึ้นมาในโลกที่ทันสมัยหายไป เหลือเพียงเซ็นคู เพื่อนผู้หลงใหลในวิทยาศาสตร์ ที่ตื่นขึ้นมาก่อนหน้านั้น เซ็นคูมีแผนที่จะฟื้นฟูมนุษยชาติด้วยวิทยาศาสตร์ ความแข็งแกร่งของทาจูและสติปัญญาของเซ็นคูสัญญาว่าจะสร้างอารยธรรมใหม่ แต่แนวคิดของเซ็นคูถูกท้าทายโดยผู้ตื่นขึ้นมา ความลึกลับของการกลายเป็นหินยังคงไม่มีคำตอบ
